В отдельном здании располагается единственный в России государственный комплекс протонной терапии для лечения злокачественных новообразований любых локализаций. Система протонной терапии ProteusPlus235 уникальна и превосходит по своим характеристикам аналоги, установленные в онкологических центрах различных стран мира. Сердцем системы является циклотрон фирмы IBA (Бельгия). Серийный циклотрон С235-V3 был усовершенствован совместно с Объединённым Институтом Ядерных Исследований (г. Дубна, Московская обл.). В результате оптимизации процесса ускорения протонов значительно снизилось облучение элементов ускорителя, а полный ток пучка протонов из ускорителя увеличился в три раза. Протонный центр располагается в корпусе №9 и имеет в своем составе 4 лечебные комнаты с выходом протонного пучка. Две лечебные комнаты оборудованы системами, поддерживающими самую прогрессивную технологию доставки ионизирующего излучения к опухоли - сканирование карандашным пучком.
    В третьей комнате проводиться облучение мишени равномерно сканирующим пучком с применением индивидуальных апертур и компенсаторов. Четвертая комната используется для лечения поверхностно расположенных новообразований головы и шеи, опухолей глаза.